Xuất thân của Nefertari không được biết đến. Người ta phát hiện một khung tên của Pharaon Ay khiến mọi người suy đoán rằng Nefertari có huyết thống với ông[1]. Tuy nhiên, khoảng thời gian giữa 2 triều đại của Ay và Ramesses II quá lớn nên Nefertari không thể nào là con gái của Ay, có chăng thì bà cũng thuộc hàng cháu chắt của Ay mà thôi. Tuy nhiên, không có bằng chứng kết luận nào cho thấy Nefertari có liên quan tới gia đình của triều đại thứ 18[2][3].

Nefertari kết hôn với Rameses II trước khi ông kế vị[4]. Bà có ít nhất 4 hoàng tử và 2 công chúa[1]. Bà không có người con trai nào trở thành Pharaoh:

• Thái tử Amun-her-khepeshef, hoàng tử trưởng của Ramesses, kiêm Chỉ huy quân đội, mất trước vua, có một con trai.
• Pareherwenemef, hoàng tử thứ ba của Ramesses, danh hiệu "Người can đảm nhất trong quân đội" và "Người giữ xe ngựa".
• Meryatum, "Thầy tư tế cấp cao của Ra".
• Meryre, chết yểu.
• Meritamen, công chúa thứ tư của Ramesses, được lập làm "Người vợ vĩ đại" của cha bà, sau cái chết của Nefertari.
• Henuttawy, công chúa thứ 7 của Ramesses.

Ngoài ra, 3 công chúa Baketmut, Nefertari, Nebettawy cũng được cho là con bà nhưng vẫn không có bằng chứng cụ thể[1][2].